Campilobacteriosis genital bovina : aportes de la genómica y secretómica para optimizar su diagnóstico y control en la Argentina.

Abstract

La Campilobacteriosis genital bovina (CGB) es una enfermedad infecciosa reproductiva ocasionada por Campylobacter fetus (C. fetus). En nuestro país, provoca importantes pérdidas económicas en la producción ganadera y es endémica. Las subespecies de C. fetus han sido diferenciadas a lo largo del tiempo por sus características fenotípicas y las distintas estrategias moleculares propuestas junto a los estudios genómicos revelaron inconsistencias entre los resultados. Por otro lado, no existen vacunas efectivas para la enfermedad y se desconocen las moléculas claves para el desarrollo de estrategias de control. Para abordar estos desafíos, el objetivo general de la presente Tesis fue aportar conocimientos derivados de la Genómica y de la Secretómica de C. fetus para optimizar el diagnóstico y control de la CGB en nuestro país. El análisis filogenómico a partir de secuencias de genomas completos de aislamientos locales (entre ellos, 3 genomas secuenciados mediante NGS por nosotros) y del mundo (Genbank y ENA) permitió describir una estructura poblacional clonal de cepas, agrupadas en dos clusters mayoritarios. El 91% de las cepas argentinas agruparon en un clado filogenético compuesto casi exclusivamente por las cepas locales. Dentro de este clado, se describieron relaciones filogenéticas con cepas aisladas en países limítrofes, sugiriendo así la posible existencia de comercio internacional entre las regiones. Pudimos describir también una única cepa de nuestro país, con características distintivas, distante filogenéticamente del resto y que agrupó dentro del linaje humano. Asimismo, se logró discriminar a un grupo de cepas con características bioquímicas y genéticas coincidentes con C. fetus subesp. venerealis.

Bovine genital campylobacteriosis (BGC) is an infectious reproductive disease caused by Campylobacter fetus (C. fetus). In our country, this disease is endemic and causes important economic losses in the cattle production. The subspecies of C. fetus identified up to date have been differentiated over time according to their phenotypic characteristics. However, the results obtained from the used of different molecular strategies for the analyses of these subspecies, together with their genomic studies, have revealed inconsistencies between them. To date, there are no effective vaccines against the disease. In addition, the key molecules for the development of control strategies keep also elusive. As the general objective of the present Thesis, we used C. fetus genomics and secretomics to obtain new information in order to optimize the diagnosis and control of BGC in our country. The phylogenomic analysis from complete genome sequences of local isolates (among them, 3 genomes sequenced by NGS by us) and from the world (Genbank and ENA) allowed us to describe a clonal population structure of strains, grouped in two major clusters. Most of the Argentine strains (91%) grouped in a phylogenetic clade composed almost exclusively of local strains. Within this clade, phylogenetic relationships with strains isolated in neighboring countries were evident, suggesting the existence of international trade between the regions. From the samples of our country, we were able to describe a single strain with distinctive characteristics. This strain was phylogenetically distant from the rest and grouped within the human lineage. In addition, a group of strains shared biochemical and genetic characteristics coincident with C. fetus subsp. venerealis.