Identificación sistemática de motivos lineales de interacción con la familia de proteínas pocket.

Abstract

Los motivos lineales (SLiMs) son elementos modulares cortos (~6 residuos) localizados en regiones intrínsecamente desordenadas de las proteínas y median interacciones proteína-proteína. La familia de proteínas pocket incluye a Retinoblastoma, p107 y p130; involucradas en la regulación del ciclo celular y su inactivación puede dar lugar a procesos oncogénicos. A través de su dominio pocket conservado interaccionan con los SLiMs E2F y LxCxE presentes en sus blancos proteicos. Se realizó un ensayo ProP-PD (Proteomic Peptide Phage Display) utilizando los dominios pocket como carnada y una biblioteca de péptidos de 16 residuos provenientes de regiones desordenadas del proteoma humano (HD2) obteniendo una lista de más de 1000 péptidos hit. El objetivo general de este trabajo es caracterizar estructuralmente péptidos hit utilizando herramientas bioinformáticas que permitan identificar y priorizar nuevos SLiMs E2F y LxCxE para validar experimentalmente.